Logotyp szkoły zaprojektowany został przez ucznia III klasy gimnazjum - Filipa Studzińskiego. Zakomponowany jest w kole, w którego centrum umieszczono wizerunek Mikołaja Kopernika w opracowaniu graficznym na podstawie portretu tzw. gimnazjalnego z XVI w. Prezentowany jest on w Sali Mieszczańskiej Ratusza Staromiejskiego w Toruniu. Wokół portretu - w górnej części - umieszczone są planety układu słonecznego. W strefę obwodową wkomponowana jest nazwa szkoły. Kolorystyka logotypu to barwy - niebieska i żółta oraz białe tło.